O 9º ano do Ensino Fundamental, pedagogicamente, é organizado na perspectiva da transição para o Ensino Médio. A realização de simulados em formato ENEM e palestras de orientação pedagógica preparativas para o Ensino Médio contribuem para que os alunos, gradativamente, adquiram familiaridade com as novas demandas de sua vida acadêmica. 

O Ensino Médio é a etapa final que prepara o jovem para a entrada no Ensino Superior. Buscamos associar a teoria e a prática em cada disciplina, facilitando a compreensão e desenvolvendo o pensamento crítico e a autonomia intelectual do aluno. Nossa proposta pedagógica é organizada de acordo com a matriz de competências e habilidades apresentadas pelo INEP, que orienta o Exame Nacional do Ensino Médio. Mantemos investimentos constantes na formação pedagógica da equipe educativa, formamos parceria com o Sistema Bernoulli e realizamos simulados no formato ENEM. O Colégio São Miguel Arcanjo também desenvolve ações de orientação vocacional e possui parcerias com instituições de nível superior.